侯马市在春秋时期称为新田，这是当地早期土地开垦和农业发展进程中产生的地名。据周代文献记载，当时人对土地分别有“菑”、“新”、“畬”的称谓，《尔雅·释地》：“田一岁曰菑，二岁曰新，三岁曰畬。”就是说刚开垦的土地叫“菑田”，经过两年耕作和休耕的土地叫“新田”，有三年以上耕作历史的熟田叫“畬田”。《左传·僖公二十八年》中记录了晋文公在城濮之战前夕听晋国士兵唱的两句歌词：“原田每每，舍其旧而新是谋”，意思是说：休耕的土地杂草茂盛，去年已耕种的地不再用，而用其休耕过的新田。这句歌词本指晋军士气旺盛，可以谋立新功之征兆，但却从另一侧面反映出晋国人经营土地同样由新到畬的概念。因此说地名新田是晋国农业文明的活化石。
　　晋国在景公执政期间，随着疆域不断扩大，他开始策划迁都。当时多数士大夫的意见是迁往郇瑕，即今盐湖区和临猗县一带，理由是那里土地肥沃，地近盐池，对国家有利。但是韩献子却坚持迁都新田，他说：“郇瑕一带土薄水浅，不如新田土厚水深，居之不生病，有汾、浍两河冲走污秽，且新田百姓服从教化，是晋国长期利益所在。”晋景公最终还是听取了韩献子的建议，与公元前585年夏四月将晋国都城从绛迁至新田。
　　新田作为晋国最后一个国都，经历了百余年的繁荣，至战国后逐渐荒废。上世纪50年代以来，考古界在侯马市连续发现了牛村古城、平望古城、白店古城、台神古城、马庄古城等晋国都城遗址及大量珍贵文物，这5个古城遗址统称为“新田晋国遗址”，于1961年被列为全国重点文物保护单位。
　　侯马市境在西汉属于绛县的一部分，北魏太和十一年（487年）置曲沃县后，历为曲沃县西境。唐贞观年间，唐太宗沿袭了北周和隋的府兵制，将全国分为十道，共置634个折冲军府，当时在这里置新田府，为上府，驻府兵1200人，是绛州33府之一。金元战争之际，流经侯马的浍河成为两军界河，并经历了激烈的争夺。明王朝统一全国后，对元代原有的驿站进行整顿，设立水马站、递送所、急递铺等，以加快文书传送和物资转运。今侯马正处于太原与西安间驿路大道的要冲，遂于洪武八年（1375年）将绛州的金台驿和太平县的相里驿迁至曲沃县境内，改置为侯马驿和蒙城驿。“侯马”之名由此出现。
　　侯马驿的所在地在设驿之前叫“下马里”，与南面的上马村隔浍河相望。按一般地名命名规律，这是由“马村”派衍出来的两个村庄，故以“上”、“下”区分。但是“下马”为什么会演变为“侯马”呢？其演变的理由和依据又是怎样呢？原来，古人有以地名占卜吉凶的风气，早在古代兵书中就有“将军忌地名”的说法，而类似“下马”这种地名尤为当地官员所忌讳。由此我们联想到太原皇庙两侧旧有“文武官员至此下马”的标志碑，这条街因称“下马街”，后人却以为不吉，遂改“上马街”。再有西安城东已有汉董仲舒墓，官员经此必下马步行，故称其地为“下马里”，后人同样也谐音改作“蛤蟆陵”。白居易《琵琶行》：“家在蛤蟆陵下住”，即此也。“下马里”作为一个小村庄可能还不会引起地方官的重视，但成为国道驿站后，它的更名也就势在必然了。
　　若论及“侯马”的含义也是众说纷纭，较有价值的解释有以下三说。一是下马里有侯姓所居，别称侯马。为此我们查阅过《曲沃县志》地方人物的姓氏，也调查过土著居民的姓氏构成，惜未发现有关力证；二是下马里为晋国诸侯馆遗址所在地。据史载，公元前542年，郑伯、子产来晋国访问，晋国公为表示欢迎，特意“筑诸侯之馆”，是当时最高星级的国宾馆。后来“诸侯馆”成为地方名胜古迹，清乾隆年间，张坊任曲沃知县时还将侯马驿所搬迁到诸侯馆遗址上。时有陕西主考朱佩莲作《侯马驿诸侯馆诗》以志贺，中有“鼎新重筑诸侯馆”，“洗开旧迹新田面”等句。由此可考虑“侯马”是否为诸侯馆和下马里的合成地名或省称；第三种解释也是较为合理的解释，即“下”在当地方言中读“侯”，“侯马”是“下马”的谐音。以谐音改地名在地名避讳中较为常见，这样既更新了地名含义，又照顾到群众读音基本不变，故此，我认为此说可信。近代以来，侯马驿在晋西南的交通地位更趋重要，1912年，侯马裁驿归邮，但仍为一方巨镇。1958年11月，国务院批准设立侯马市（县级），其行政区域包括今新绛县、曲沃县及襄汾县的原汾城县域。到1963年3月，襄汾、新绛、曲沃3县相继恢复，侯马市被撤销，称侯马镇，成为曲沃县人民政府驻地。1971年6月，划出曲沃县西部再设侯马市（县级）至今。